Отрасль атомной энергетики в настоящее время сосредоточила большое количество финансовых потоков. Возросла роль долговых обязательств в экономике организаций. Погашение взаимной задолженности может принести ощутимую пользу в высвобождении оборотных средств и повышении рентабельности отрасли. Для этой цели необходим анализ процессов, происходящих при взаимных расчетах дебиторов и кредиторов. На основе математического аппарат теории графов была построена информационная модель, проведено компьютерное моделирование алгоритма поиска вариантов зачета взаимных требований на графах различной сложности. В результате моделирования была доказана возможность применения системы для учета и оптимизации взаимных финансовых обязательств на предприятиях Единой генерирующей компании во главе с концерном Росэнергоатом. Дальнейший опыт работы с реальными данными показал эффективность данного алгоритма в пределах 5-10 процентов, что соответствует результатам проведенного моделирования.